Ich kann da keine sinnvollen Programme empfehlen... bin, was das angeht, ziemlich oldschool und vertraue einfach darauf, dass die betreffenden Stellen entweder mir selbst auffallen, wenn ich nach ein paar Tagen oder Wochen mit frischem Kopf nochmal drüberlese, oder dass ich von einem freundlichen Leser früher oder später schon darauf hingewiesen werde, wenn irgendetwas wirklich stört.
Und dann gibt es sogar Situationen, wo Wortwiederholungen eine bestimmte Funktion haben und ganz bewusst gewählt wurden. Also ich gehöre nicht zu denen, die jetzt grundsätzlich sagen würden, dass man ein bestimmtes Wort nicht mehrmals in einem Satz verwenden darf. Es gibt halt Stellen, wo es unprofessionell klingt und extrem auffällig ist... und diese Stellen gilt es dann eben, mit dem nötigen Gespür dafür ausfindig zu machen.
Als Beispiel für eine problematische Häufung bestimmter Worte fällt mir jetzt gerade eine Stelle aus meinem neuen Roman ein, in der die Protagonisten von einem deutschen Major verhört werden. Und da hatte ich dann voll oft "sagte der Major" oder "Der Major tat dies oder jenes" und solche Formulierungen stehen. Also einfach zu viel Major. Hab es dann so zu lösen versucht, dass ich manchmal eben statt "der Major" dann "der deutsche Offizier" geschrieben habe, oder dass er auch mal mit seinem vollen Namen angesprochen wird von jemandem.
Aber man braucht da schon eben so ein Gefühl und eine gewisse Sensibilität dafür. Apps können einem vielleicht Hinweise geben, wo etwas im Argen liegt, und wo man vielleicht noch bisschen genauer hinschauen sollte... doch letztlich wird dir keine App mitteilen können, ob es sich flüssig liest oder holprig. Es wird immer bis zu einem gewissen Grad Gefühlssache bleiben.